Bagian Kerja Sama dan Kelembagaan mempunyai tugas melaksanakan administrasi kerjasama, pengembangan kelembagaan, dan pembinaan Perguruan Tinggi Agama Islam Swasta (PTAIS). Dalam melaksanakan tugasnya Bagian Kerja sama dan Kelembagaan menyelenggarakan fungsi:
- penyiapan dan pelaksanaan administrasi kerja sama;
- pengembangan kelembagaan; dan
- pelaksanaan administrasi pembinaan PTAIS.
Bagian Kerja sama dan Kelembagaan terdiri dari:
- Subbagian Kerja Sama;
- Subbagian Pengembangan Lembaga; dan
- Subbagian Bina PTAIS.
Subbagian Kerja Sama mempunyai tugas melaksanakan penyiapan, administrasi, dan pengembangan kerja sama dengan perguruan tinggi dan lembaga lain. Subbagian Pengembangan Lembaga mempunyai tugas melaksanakan pengembangan kelembagaan. Subbagian Bina PTAIS mempunyai tugas melaksanakan administrasi dan pembinaan PTAIS.